Il Consiglio regionale, con sede a Bari, è composto da 50 consiglieri e si articola in sei commissioni permanenti: I Commissione Bilancio, finanze e programmazione; II Commissione Affari generali, personale, rapporti istituzionali, enti locali; III Commissione Servizi sociali; IV Commissione Sviluppo economico; V Commissione Ambiente, assetto e utilizzazione del territorio; VI commissione Politiche comunitarie, lavoro e formazione professionale. Vi si aggiungono due commissioni speciali: la Commissione per la riforma istituzionale e amministrativa e la Commissione per la conoscenza e la prevenzione dei delitti di tipo mafioso, camorristico o di natura similare. Presso il Consiglio, infine, opera il Comitato regionale per i servizi radiotelevisivi.
La Giunta della Regione Puglia, con sede a Bari, è composta dal presidente e da undici assessori. Presso gli assessorati operano anche Comitati, Commissioni e Consulte.
L’apparato politico-amministrativo si compone anche del Comitato regionale di controllo sugli atti delle province, dei consorzi a partecipazione di amministrazioni provinciali e delle unità sanitarie locali.
Istituzioni sub-regionali diverse da Province e Comuni operano in vari settori e a vari livelli. Si contano, fra l’altro, 5 Comunità montane, 6 Consorzi di bonifica, di bonifica montana e di miglioramento fondiario, 12 Unità sanitarie locali e 55 distretti scolastici.
Nello stemma regionale adottato con L.R. del 1988, si raffigura, in campo argenteo, un albero di olivo, emblema di concordia e pace, racchiuso da un ottagono rosso vestito di azzurro che evoca le grandiose geometrie del Castel del Monte, uno dei monumenti medievali più suggestivi del mondo, fatto costruire tra il 1240 e il 1250 da Federico II di Svevia, denominato Puer Apuliae; i cinque cerchi verdi raffigurati sul capo aureo dello scudo simboleggiano le province pugliesi.
Comunità montane. Murgia nord-occidentale, con sede a Corato; Murgia sud-orientale, con sede a Gioia del Colle; Sub appennino dauno meridionale, con sede a Bovino; Sub appennino dauno settentrionale, con sede a Casalnuovo Monterotaro; Gargano, con sede a Monte Sant’Angelo.
Unità sanitarie locali. Cinque in provincia di Bari: Usl di Altamura, Usl di Andria, Usl di Bari, Usl di Barletta, Usl di Putignano; una in Provincia di Brindisi: Usl di Brindisi; tre in provincia di Foggia: Usl di Manfredonia, Usl di Foggia, Usl di San Severo; una in Provincia di Taranto: Usl di Taranto; due in provincia di Lecce: Usl di Lecce, Usl di Maglie.
Distretti scolastici. Diciotto in provincia di Bari; sei in provincia di Brindisi; undici in provincia di Foggia; tredici in provincia di Lecce; sette in provincia di Taranto.